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公益法人専門の税理士 いずみ会計事務所・税理士浦田泉

公益法人税制

公益法人等に対する法人税課税の優遇措置―みなし寄附金

【ポイント】

公益法人においては、法人税法上の収益事業の所得の公益目的事業への繰入れを寄附金とみなして、その金額の一部について損金算入が認められます。
公益法人等に対する法人税課税の優遇措置―みなし寄附金

公益法人において、法人税法上の収益事業に属する資産からその収益事業以外の認定法上の公益目的事業への支出を「みなし寄附金」といいます。
この「みなし寄附金」の一部の金額について、損金算入が認められています。

公益法人は、収支相償基準を満たすことによって生じる公益目的事業の資金不足に対して、収益事業等からの繰入れによる支援が想定されているため、みなし寄附金の範囲が収益事業から公益目的事業への支出のみと狭く限定されたかわりに損金算入限度額が拡大されています。

公益法人におけるみなし寄附金の損金算入限度額は、次の(1)と(2)のいずれか多い金額となります。

(1)収益事業の所得の金額の50%相当額
(2)公益法人特別限度額(※)
(※)公益目的事業の実施のために必要な金額(公益目的事業実施必要額)と実際に収益事業に属する資産のうちから公益目的事業のために支出した金額のいずれか少ない額

このうち(1)は、認定法上、公益法人の収益事業等から生じた収益の50%相当額は公益目的事業財産に繰り入れなければならないため、税務上も当該50%相当額の損金算入を認めたものと考えられます。
他方、(2)は、認定基準の一つである収支相償を満たすと生じる公益目的事業の資金不足を補うために、法人が収益事業に属する資産のうちから公益目的事業のために繰り入れたものと考えられることから、法人税法上、損金算入を認めたものと考えられます。

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公益法人等に対する法人税課税の優遇措置―収益事業課税と公益目的事業非課税

【ポイント】
公益法人(公益社団法人、公益財団法人)は、法人税法上の収益事業から生じた所得のみに課税されます。
ただし、認定法上の公益目的事業に該当する事業は、法人税法上の収益事業からは除かれるため、公益法人の場合は収益事業のうち公益目的事業以外の部分に対して課税されることになります。
公益法人等に対する法人税課税の優遇措置―収益事業課税と公益目的事業非課税

公益法人は、収益事業から生じた所得以外の所得については、法人税課税の対象となりません。

さらに、公益法人が行なう事業が、法人税法上の収益事業であっても、その事業が認定法上の公益目的事業に該当する場合は、その事業は収益事業から除かれ、法人税の課税対象外となります。
たとえば、都道府県から事業を請け負った場合、この事業は法人税法上の「請負業」に該当し、この収益については法人税課税の対象となるのが通常です。
しかし、この請負業が認定法上の公益目的事業と認められている場合には、法人税法上の収益事業から除かれ、課税されないこととなります。

なお、一般法人(一般社団法人、一般財団法人)については、株式会社等と同様に、全ての所得に対して法人税が課税されますが、非営利型一般法人については、法人税法上「公益法人等」として取り扱われ、収益事業のみに課税されます。
(ただし、非営利型一般法人には公益目的事業という概念がないため、「公益目的事業に該当する収益事業からの収益は課税対象外」というルールは適用されません)

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公益法人に適用される税制上の優遇措置

【ポイント】

公益法人(公益社団法人、公益財団法人)には、他の法人と比べて税制上の優遇措置が受けられます。一般法人(一般社団法人、一般財団法人)は原則として企業等と同様の課税がなされますが、非営利型一般法人は一部の優遇税制が適用されます。
公益法人に適用される税制上の優遇措置

公益法人には、税制上の優遇措置が設けられています。
主なものは次の通りです。

法人税関係

1)収益事業課税・公益目的事業非課税
2)みなし寄附金制度
3)利子配当非課税

寄附税制

4)公益法人に対して寄付をした法人、個人等への優遇措置

その他

5)印紙税の一部非課税
6)固定資産税の一部非課税
7)法人住民税均等割の非課税(一部法人のみ)

なお、一般法人(一般社団法人、一般財団法人)については、原則として優遇税制はありませんが、非営利型一般法人については、一部の優遇税制が適用されます。
詳しくは、それぞれの優遇措置についてお話しする際にご説明いたします。

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「資本金1億円」、公益法人等ではどう考えるの?

【質問】

交際費について、資本金が1億円以下の法人は年800万円までは法人税の損金にすることができるけれど、規模の大きな法人は飲食接待費の50%までしか損金にできない、とききました。
当法人は一般社団法人で、そもそも資本金という概念がありません。一般社団法人はどのような基準で考えればよいのでしょうか?

【回答】

公益法人等(公益社団法人、公益財団法人、一般社団法人、一般財団法人)については、一定の算式により計算した金額を期末資本金等に準ずる金額として、交際費等の損金不算入額を計算することとしています。

法人税法では、法人の規模によって税務上の取り扱いが異なるものがたくさんあります。
ご相談の飲食接待費等に関する損金不算入額の計算(一般的に「交際費等の損金不算入額の計算」といいます)はその代表例で、一般的に期末の資本金が1億円を超えるかどうかによって取り扱いが異なります。

交際費等の損金不算入額の計算とは、ざっくり言うと、期末の資本金が1億円以下の法人の場合、年間800万円以下の一定の交際費等については損金算入OK、というものです。(期末の資本金が1億円超の法人は、一定の飲食接待費のうち、50%までが損金算入OK、となります)

しかし、公益法人等の場合、そもそも資本金という概念がありません。
この場合、次の算式により計算した金額を期末資本金等に準ずる金額として、交際費等の損金不算入額の計算をすることとなります。

<算式>
正味財産額(※)×0.6×(期末時の収益事業に係る総資産/期末総資産)

(※)正味財産額=(期末時の貸借対照表上の総資産の帳簿価額-期末時の貸借対照表上の総負債の帳簿価額)-当期の利益の額+当期の欠損金の額

なお、資本金が1億円を超えるかどうかによって取り扱いが異なることの例の一つとして、法人税率が上げられます。
この場合は、全ての公益法人等について、資本金が1億円以下の法人と同じ扱いとなります。

よくある説明では「資本金1億円」が分岐点、というようなことが説明されていますが、公益法人等の場合は公益法人特有の税法の適用があるため、その情報が公益法人向けのものかどうか、きちんと確かめることも重要です!

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公益法人の収益事業課税はいつから始まったか?

【ポイント】
昭和25年の法人税法の改正により、現行の公益法人に対する課税制度が創設されました。

公益法人の収益事業課税はいつから始まったか?
法人の所得に対して課税されるようになったのは、明治32年の所得税法改正から、です。
この際、公益法人については、営利を目的としない法人の所得として課税しないこととされていました。

しかし、昭和25年のシャウプ勧告で、「公益法人の許可に際して税の見地が入らない仕組みになっているために、ある種の公益法人はきわめて営利的な色彩が強い事業を営んで、法人税非課税による他との不公正な競争上の利益を与えられている実情にある」との指摘がなされ、公益法人の免税資格を大蔵省が個々に審査したうえで免税資格を受けられない公益法人は営利法人と同様に課税すべきとの勧告がされました。

このシャウプ勧告が、収益事業課税が導入された契機であり、収益事業課税の趣旨は、企業と競合する事業には課税するというイコールフッティング論がとられています。

ともあれ、勧告を受けて昭和25年に収益事業課税制度が導入されましたが、シャウプ勧告にある免税資格を個別に与える制度は採用されず、主として営利法人との競合関係にある事業(当時は29業種)が規定され、これらの事業を行っている公益法人等に対して法人税が課税されることになりました。

公益法人と企業の競合する事業は、時代とともに変わっています。時代を経て、現在では34の事業が収益事業とされています。

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知らなかったでは済まされない?!―鳥羽市が下水道事業消費税の申告漏れ

【ポイント】
三重県鳥羽市が、下水道事業の特別会計に対し、伊勢税務署から消費税の申告漏れを指摘され、過少申告加算税と延滞税を含む約1160万円を修正申告することが明らかになりました。

今月上旬ですが、三重県鳥羽市が、下水道事業の特別会計に対し、伊勢税務署から消費税の申告漏れを指摘されたと発表しました。
この申告漏れの指摘により、過少申告加算税と延滞税を含む約1160万円を修正申告することも明らかになりました。内訳は修正申告額が約968万円、過少申告加算税が160万円、延滞税が33万円だといいます。
知らなかったでは済まされない?!―鳥羽市が下水道事業消費税の申告漏れ
市によると、指摘を受けたのは平成24~27年度に申告した下水道事業の消費税について、それまでの簡易課税方式に対し、24~27年度は原則課税方式が適用されたため計算を誤ったことが原因だといいます。

納付する消費税額の計算方法は、
課税売上げ等に係る消費税額-課税仕入れ等に係る消費税額=納付する消費税額
と計算するのが原則で、これを原則課税方式といいます。

ただし、その課税期間の前々年又は前々事業年度(基準期間)の課税売上高が5000万円以下で、簡易課税制度の適用を受ける旨の届出書を事前に提出している事業者は、実際の課税仕入れ等の税額を計算することなく、課税売上高から仕入控除税額の計算を行うことができる簡易課税制度の適用を受けることができます。
もう少し詳しく説明すると、仕入控除税額を課税売上高に対する税額の一定割合とするしくみで、その一定割合は行なっている事業の業種によって90%から40%までの6種類の割合が適用されます。

必ず消費税の納税額が発生することになりますが、課税仕入に該当しない人件費等の割合が高い法人の場合、簡易課税制度を使ったほうが有利になるケースがあるため、簡易課税制度を利用している法人の方もいらっしゃるかと思います。

しかし、簡易課税制度を利用する場合、基準期間の課税売上高が5000万円を超えると原則課税方式が適用されるため、注意が必要なのです。
ですから、課税売上高が5000万円前後の法人は、簡易課税制度が利用できるかどうかを毎年、確認すべきなのですが、今回のケースではそれが行なわれていなかったようです。

担当者は「引き継ぎがなされていなかった。課として税の仕組みを理解していないと言われても仕方なく、今回のミスをきちんと引き継ぎ、職員の税に対する理解を深めたい」と話しているそうです。

知らなかった!では済まされない大きな金額の修正申告。申告に誤りがあったときに指摘を受けて修正申告せざるを得なくなるのは、自治体も公益法人も同じです。
税金の、大きな枠組みについては、ぜひ理解しておきたいですね!

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消費税の免税事業者には大きなインパクト!-「インボイス制度」とは

【ポイント】
2023年10月1日から「適格請求書等保存方式」(いわゆる「インボイス制度」)が導入されます。インボイス制度の下では、税務署長に申請して登録を受けた課税事業者である「適格請求書発行事業者」が交付する「適格請求書」等の保存が、仕入税額控除の要件となります。

インボイス制度

2019年10月1日から2023年9月30日までの間の仕入税額控除の方式は、区分記載請求書等保存方式となりますが、2023年10月1日から、複数税率に対応した消費税の仕入税額控除の方式として適格請求書等保存方式(いわゆるインボイス制度)が導入されます。

まだまだ先の話のように思えますが、実はとてもインパクトの大きい改正です。
特に、消費税の免税事業者である規模の小さな法人にとっては、税務的にどのように舵取りをするか、判断が迫られるような改正ですので、ここでご説明いたします。

インボイス制度の下では、税務署長に申請して登録を受けた課税事業者である「適格請求書発行事業者」が交付する「適格請求書」等の保存が、仕入税額控除の要件となります。
つまり、「適格請求書」等がない場合は、仕入税額控除ができなくなる、ということになります。(ただし一定の経過措置があります)

適格請求書とは、売り手が、買い手に対して正確な適用税率や消費税等を伝えるための手段であり、一定の事項が記載された請求書等をいいます。

ここで注意すべきなのは、適格請求書を発行できるのは、適格請求書発行事業者に限られる、という点です。
適格請求書発行事業者になるためには、「適格請求書発行事業者の登録申請書」(登録申請書)を提出し、登録を受ける必要があります。
この登録は、課税事業者でなければ受けることはできません。
そのため、免税事業者にとってはかなり大きな影響のある改正ポイントなのです。

免税事業者の場合、法人が行なっている事業や取引の内容によって、様々な税務的判断が考えられますので、早い段階でこの制度のアウトラインを理解し、対策を考えておくことをオススメいたします。

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消費税の軽減税率導入、公益法人や一般法人にも影響あり!〜区分記載請求書等〜

【ポイント】

2019年10月1日から2023年9月30日まで、消費税の軽減税率導入に伴って、消費税の仕入税額控除のためには、区分経理に必要な事項を記載した帳簿及び区分経理記載請求書等の保存が必要となります。消費税の免税事業者である小規模法人にも影響があるので要注意です。

消費税の軽減税率導入、公益法人や一般法人にも影響あり!〜区分記載請求書等〜

2019年10月1日から、消費税率が原則として10%に引き上げられると同時に、食品等の一部品目については軽減税率が導入されることになりました。
一般法人はもとより、公益法人にも消費税の納税義務がありますので、これは公益法人等にとって大きな改正ポイントとなります。

「うちの法人は、食品を取り扱っていないから関係ない」というのも誤解です。
例えば、会議用にコンビニなどでお茶菓子を購入した場合など、このお茶菓子は軽減税率の対象となる可能性が高く、仕入税額控除の計算に影響を及ぼすからです。

2019年10月1日から2023年9月30日まで、消費税の課税事業者は、仕入税額控除のため、区分経理に必要な事項を記載した帳簿及び区分経理記載請求書等の保存が必要となります。

現行制度において、帳簿への記載事項は、課税仕入れの相手方の氏名又は名称・取引年月日・取引の内容・対価の額を記載することとなっていますが、2019年10月からはこれに加えて「軽減税率の対象品目である旨」も記載する必要があります。

会計ソフトをお使いの法人の皆様は、軽減税率に対応するためのソフトウエアのバージョンアップが順次、行われているところかと思いますので、軽減税率開始前までに対応しておくことをオススメいたします。

また、現行制度では、請求書の記載事項として、請求書発行者の氏名または名称・取引年月日・取引の内容・対価の額・請求書受領者の氏名又は名称の記載が求められていますが、区分記載請求書等ではこれらに加え、①軽減税率の対象品目である旨・②税率ごとに合計した税込対価の額の記載も必要となります。

実は①、②は請求書の交付を受けた事業者があとで追記をしても構わない、とされていますが、取引先から区分記載請求書等の形式に基づいた請求書等の発行を求められる可能性は十分にあります。
たとえ、消費税の免税事業者である小規模な法人であっても、区分記載請求書には対応できるように準備を進めておくと良いでしょう。

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税務調査とは違う「行政指導」もある?!

【ポイント】
税務署から、「調査ではありませんが、申告書のないように誤りがあるのでチェックして間違っている場合は修正申告をしてほしい」という連絡を受けることがあります。この場合、「調査」ではありませんが「行政指導」を受けたものとして対応する必要があります。

税務署から「申告書の内容に誤りがあるのでチェックして、もし違っているのであれば修正申告してほしい」という電話連絡があった―というケースもあります。
その際に「これは調査ではありません」といわれることがあります。このような場合、どう対応すればよいのか迷うかと思います。

これは、その電話連絡が国税通則法に定める「調査」に該当するものではないので、国税通則法の定める手続き要件には該当しない、ということを示しています。実地調査(臨場調査)でない場合でも、「調査」に該当する場合には、調査結果の内容説明、再調査の規定が適用となります(実際に、臨場調査を伴わない調査もあります)が、今回は「調査ではない」といわれているため、規定の適用がありません。

また、「調査」ではないため、修正申告をした場合は「自主申告」という扱いになるため、加算税の賦課が行なわれない点が特徴です。

従来の、税務当局から納税者に対する電話連絡等の接触の中には、「調査」なのか「調査でない」(行政指導)なのか、が混在していましたが、現実問題としてどちらに該当するかによって法律の適用関係が大きく変わることとなるため、税務署側から「調査であるか、そうでないか」を説明することとされています。

もしも調査なのかそうでないのか、はっきりしない場合は「これは調査ですか、それとも単なる行政指導ですか」と聞いてみるとよいでしょう。

また、このような税務署からの接触(行政指導)があった場合は、必要に応じて修正申告をすることになりますので、すぐに顧問税理士に連絡をしてください。
どこの税務署の誰から電話があったのか、きちんと確認をして伝えることもお忘れなく!

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公益法人にもある税務調査、どんなことをするの?(6)調査の終了②修正申告の勧奨

【ポイント】
臨場調査の結果、更正決定等をすべきと認められた場合は、調査結果の内容説明の際に修正申告が勧奨されることがあります。修正申告勧奨の際には、修正申告をすると不服申し立てが出来なくなるが更正の請求ができることが説明されます。

公益法人にもある税務調査、どんなことをするの?(6)調査の終了②修正申告の勧奨

法人の臨場調査(実地調査)の結果、更正決定等をすべきと認められた場合には、調査結果の内容の説明及び修正申告の勧奨が行われる場合があります。(以前は「修正申告の慫慂<しょうよう>」といわれましたが、勧奨にかわりました)

現在の税務調査では、いったん調査結果の説明をして、修正申告の勧奨を行なった場合には、たとえ納税者がこれを受け入れない場合であっても、調査は終了となります。以前は修正申告の勧奨を受け入れない場合には調査を続行することも可能でしたので、納税者にとって好ましい変化ですね。
また、調査結果の説明の際には、非違の内容等について、原則口頭で説明されますが、よくわからないときには、資料を示すよう依頼したり、質問をしてもかまいません。
説明を聞いて、調査官の事実認識が間違っていると感じた場合は、こちらから別の証拠を提示し、理解を求めることもできます。この場合は、再度、調査結果の内容説明を受けることもあります。

また、修正申告の勧奨の際に、修正申告をすると不服申し立てが出来なくなるが、更正の請求はできる、という説明が口頭で行なわれると共に、その旨を記載した書面が交付され、受取の際に署名・捺印が求められます。
この説明がない場合には、平成25年1月1日以降開始の調査の場合、手続法の違法があったものとして課税処分の取消事由になる可能性もあるため、万一この説明がなかった場合はその旨を記録しておくとよいでしょう。

こうした流れから、調査結果の説明の際には、税理士の立会いをオススメいたします。

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公益法人にもある税務調査、どんなことをするの?(5)調査の終了①更正決定等がない場合

【ポイント】
臨場調査の結果、更正決定等をすべきと認められない場合には、書面による通知がなされます。従来と比べて、調査の終了が明確になりました。

公益法人にもある税務調査、どんなことをするの?(5)調査の終了①更正決定等がない場合

法人の臨場調査(実地調査)は、通常は約束していた当初の予定期間で一通り終わるのが一般的です。
調査終了時には、法律により、書面による終了通知の交付、調査結果の内容の説明及び修正申告の勧奨の手続きの明確化、修正申告をすると不服申し立てが出来なくなるが、更正の請求はできることの教示が義務化されています。
それぞれどういうことなのか、少し細かく確認しましょう。

まず、書面による終了通知の交付についてです。

更正決定等をすべきと認められない場合には、書面による通知がなされます。積極的に是認する場合はもちろんですが、調査打ち切りの場合も同様に通知され、通知は税目・期間ごとに行われます。
従来は、全く申告に誤りがなく、指導事項もない場合に「調査結果のお知らせ」という書面(いわゆる「是認通知」)が出されましたが、現在は「その時点において更正決定等をすべきと認められない旨を書面により通知する」という形で通知が出されます。そのため、「指導事項があっても更正はしない」ような場合でも通知が出されます。

また、終了通知が書面により出されるため、調査が終わったことが明確にわかるようになりました。(これまでは調査が終わったことが今一つ明確でなく、音沙汰がない状態が数ヶ月続き、結局2度と来なかった、ということもありました。気持ちが落ち着かないですよね)

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公益法人にもある税務調査、どんなことをするの?(4)臨場調査②臨場調査の流れ

【ポイント】
臨場調査(法人での実地調査)は、調査開始後、少し世間話をして概況調査に入り、その後経理状況の確認、帳簿調査と続くのが一般的です。必要に応じて現況調査、現物確認調査、反面調査も行なわれます。

一般的な臨場調査(実地調査)では、調査開始後、少し世間話をして法人の概況調査を行ないます。
概況調査が終わると、経理の流れを聞かれることが一般的です。経理の流れを説明すると、実際の帳簿調査に入ります。
事前に準備依頼を受けた資料の準備状況の確認が行なわれ、準備資料の確認を通していろいろな質問があるでしょう。

税務調査は基本的に会議室など調査スペースで行なわれる調査がベースとなります。(帳簿調査も、調査スペースで行なわれます)
調査スペースの調査だけで調査が終わるケースもありますが、必要に応じて、現況調査、現物確認調査、反面調査も行なわれます。

現況調査とは、帳簿調査の過程で、調査官が調査スペースから出て、金庫の中や補完書類の確認をすることです。場合によっては、担当者のデスクやロッカーの中を調査することもあります。実は税務調査で不正所得が発見されるきっかけは、現況調査によることが多々あるため、調査官が現況調査をするといった場合は、何かを隠していると思われている可能性が高いといえるでしょう。

現物確認調査は、法人の資産のチェックを実際に現場で行なうことです。固定資産台帳と実際の資産の確認や、棚卸資産の確認、除却した資産が保管されていないかなどがチェックされます。

反面調査とは、帳簿調査の過程で、法人の提出した資料や説明だけでは納得できなかった場合やさらに確認が必要だと思われた場合に、その取引先に対して確認調査を行なうことです。
税務調査が入られたことが取引先にもわかってしまうため、心当たりのない法人であればなおさら、されたくない調査です。

調査官からの資料要求や質問に対しては、正確かつ誠実に、なるべく早く回答することが重要です。
そして臨場調査にこそ、税理士を立ち合わせることを強くオススメいたします。

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